转基因抗虫棉是指棉花细胞染色体上整合有外源抗虫基因的棉花品种。目前抗虫基因通常为来源于苏云金芽孢杆菌的Bt基因。因此，转基因抗虫棉有时也称为转Bt基因抗虫棉。早在19世纪20年代，人们就开始尝试用Bt制剂来控制虫害。Bt制剂是目前世界上应用最广泛的生物杀虫剂之一。

Bt基因：苏云金芽孢杆菌（bacillus thuringiensis）简称Bt，是一种革兰氏阳性菌，其在形成芽孢过程中，能产生Bt杀虫晶体蛋白。Bt杀虫晶体蛋白被敏感昆虫取食后，进入昆虫肠道须经溶解和酶解两个步骤才能产生活性毒素分子。

一般来说，Cry1类杀虫蛋白原毒素只能在碱性条件下溶解，因而对pH为9—12的鳞翅目害虫有毒，且这种原毒素需要在特定消化酶的作用下才释放出活性毒素。活性毒素分子与棉铃虫等昆虫中肠道内的特殊受体相结合，并发生作用而使细胞膜穿孔，最终导致昆虫死亡。而人和哺乳动物的肠道没有激活Bt蛋白的毒性的环境，此时Bt蛋白很快被消化降解。